Takayama Ukon przyszedł na świat w 1552 roku w Japonii na wyspie Honsiu. Należał do rodziny panów feudalnych, tzw. daimyo, dobrze sytuowanej i ogólnie poważanej. Jako chłopiec poznał kodeks postępowania rycerzy japońskich zwany Bushido, przez co został przygotowany do bycia samurajem. Jego ojciec, po zetknięciu się z jezuickim misjonarzem, przyjął chrzest. W jego ślady poszedł syn, przyjmując w wieku 12 lat chrzeest i imię Justus. Wkrótce potem w Japonii rozpoczął się czas okrutnych walk międzyklanowych. W okresie wojny domowej prowadził negocjacje pokojowe, dążąc do minimalizacji ofiar i strat. Dzięki przynależności do kasty panów oraz posiadaniu wojska ród Takayama mógł chronić licznie nawracających się na chrześcijaństwo Japończyków, a przez to przyczynił się do wzrostu liczby chrześcijan w Japonii. W czasie panowania władcy Tayotomi Hideyoshi doszło do zjednoczenia ojczyzny i zakończenia walk klanowych. Jednak polityka zjednoczeniowa była nieprzychylna religii Zachodu i w 1587 r. rozpoczęły się prześladowania chrześcijan. Tym, którzy nie porzucili wiary chrześcijańskiej, zaczęto konfiskować majątki. Kiedy w 1587 jego zwierzchnik, sprawujący wówczas władzę w Japonii Hideyoshi Toyotomi, zażądał od niego porzucenia wiary, on odmówił, wybierając karę pozbawienia całej rodziny wszystkich posiadłości, tytułów oraz dochodów.
W 1614 roku chrześcijaństwo zostało całkowicie zakazane w Kraju Kwitnącej Wiśni. Okres prześladowania Kościoła był czasem wyrzucania misjonarzy zagranicznych. Skazywano na śmierć lub na banicję tych, którzy nie chcieli wyprzeć się wiary. Pozbawiony środków do życia, Takayama Ukon wraz z trzystu osobami, 8 listopada 1614 po długiej, pieszej podróży do Nagasaki przyjął wyrok cesarskich władz skazujący go na banicję.
W Nagasaki przyjął go hiszpański jezuita o. Pedro Morejon; przygotowując się do opuszczenia kraju zbierał książki chrześcijańskie, żeby je zabrać ze sobą na statek. Wraz ze swoją rodziną i grupa 300 Japończyków, którzy sprzeciwili się porzuceniu wiary katolickiej, Ukon wyruszył na jednym z trzech statków do Manilii na Filipinach. Opuszczając rodzinną ziemię miał nadzieję na powrót w przeciągu kilku lat. Nie przypuszczał, że kraj zamknie się na wiarę chrześcijańską na następne dwa i pół wieku.
Po przybyciu na Filipiny został przyjęty przez jezuitów. Miał możliwość przyjęcia godności pozwalających mu utrzymać materialnie rodzinę, jednak nie skorzystał z niej, aby nie być posądzonym o układy polityczne. Wycieńczony prześladowaniami w Japonii oraz trudami morskiej podróży, zmarł 40 dni po przybyciu na Filipiny, dnia 4 lutego 1615 roku. Został pochowany z honorami i po katolicku.
Zmarł w opinii świętości, a jego proces beatyfikacyjny rozpoczął wspomniany o. Morejon, jednak z powodu prześladowań chrześcijan dotarcie do dokumentacji związanej ze świątobliwym samurajem Chrystusa było utrudnione. Ponownie proces został wznowiony w latach 60. XX wieku. Ukoronowaniem długiego procesu zostało wyniesienie go do chwały ołtarzy 7 lutego 2017 roku w Osace. Tego dnia kard. Angelo Amato na mocy dekretu Papieża Franciszka wyniósł Justusa Takayamę Ukona do chwały ołtarzy. Podczas homilii beatyfikacyjnej kard. Amato powiedział:"Beatyfikacja Justusa jest ziarnem ewangelicznym, które Opatrzność szerzy w Japonii i w świecie. Przykład naszego błogosławionego popycha nas wszystkich do życia wiarą i wiernością Ewangelii Jezusa Chrystusa." Jego wspomnienie liturgiczne jest obchodzone 3 lutego.
Dzień po beatyfikacji Papież Franciszek wspomniał błogosławionego na audiencji generalnej w Rzymie:"Wczoraj w Osace w Japonii został ogłoszony błogosławionym Justus Takayama Ukon, wierny świecki Japończyk, męczennik w Manilii w 1615 r. W zamian za niezaakceptowanie układów zrezygnował z honorów i wygód, godząc się na poniżenie i wygnanie. Wytrwał wiernie w Chrystusie i Ewangelii, dzięki temu reprezentuje godny podziwu przykład umocnienia w wierze i poświęcenia w miłosierdziu."
W 1962 japońska reżyserka Kinuyo Tanaka nakręciła film pt. Oginsama o jego życiu, w którym główną rolę zagrał Tatsuya Nakadai. Ponadto we Włoszech nakręcono film dokumentalny o jego życiu pt. Samuraj Ukon, droga miecza i droga krzyża.
We wsi Toyono, gdzie się urodził, działa dom kultury poświęcony jego pamięci. Mieszkańcy postawili przed nim w 2015 pomnik Ukona wraz z żoną. Również w Manili wzniesiono poświęcony mu posąg na placu Dilao. Ponadto w Takatsuki Shiroato Park w Osace znajduje się pomnik z jego postacią. Powstała na jego cześć opera pt. Ukon Takayama – błogosławiony pan, miecz czy miłość?
Bł. Justus Takayama Ukon nie jest pierwszym samurajem wyniesionym na ołtarze. Pierwszym był św. Paweł Miki, męczennik z Nagasaki, pochodzący z rodziny samurajów.